Bajo la filosofía de Investigar para Transformar, la opción de IPES es la aplicación de la investigación a la búsqueda de incidencia en los procesos y centros de toma de decisión. Su ámbito de acción son las políticas públicas. Por lo tanto, sus destinatarios principales para la incidencia son los distintos organismos del estado, los partidos políticos, los grupos influyentes de la sociedad civil, medios de comunicación social y centros de toma de decisión en general.

Para el período 2001-2003, los ejes temáticos del trabajo del Instituto, de los cuales se derivan sendos programas de investigación e incidencia, son los siguientes:

• Proceso de paz y metodologías de negociación.

• Formación estructural de la sociedad guatemalteca, en lo económico, social y étnico-cultural.

• Estado, poder y políticas públicas.

• Globalización.

• Construcción programática para la Guatemala del futuro.